Kemisk status bestäms genom att mäta halterna av miljögifter eller föroreningar. Värdena jämförs mot mot gränsvärden som inte får överskridas om status ska bedömas som god.
Kvicksilver och polybromerade difenyletrar (PBDE) överskrider gränsvärden i alla Sveriges ytvattenförekomster på grund av atmosfäriskt nedfall. Det resulterar i att alla ytvatten i Sverige klassificeras till Uppnår ej god kemisk status när det gäller kvicksilver och PBDE. För att problem med andra prioriterade ämnen inte ska överskuggas av dessa överallt överskridande ämnen, presenteras här kemisk status exklusive dessa ämnen.