Inom Bränningeåns vattensystem finns 345 ha sjöyta som kan indelas i två separata sjöar som är förbundna med varandra; Lilla Måsnaren och Stora Måsnaren. Lilla Måsnaren är starkt påverkad av närheten till Södertälje tätort. Vattnet är mycket näringsrikt och metallhalterna i sedimenten är höga. Syrebrist förekommer. Wasa våtmark anlades 1992 för att förbättra vattenkvaliteten i sjön. Stora Måsnaren påverkas till viss del av det dåliga vattnet i Lilla Måsnaren. I södra delen av sjön är vattenkvaliteten däremot bättre. På nordöstra stranden kan du bada vid Eklundsnäsbadet.