Miljöbarometern
En stor del av området kring Malmsjön är vattenskyddsområde eftersom det finns en grundvattentäkt i Malmsjöåsen som sträcker sig i nordvästlig-sydostlig riktning utmed sjöns östra sida. Markerna omkring sjön är till största delen bevuxna med barrskog. Stränderna består av morän och sand.
Malmsjön är mycket betydelsefull för friluftslivet. Fritidsfisket i sjön inklusive utplantering, bevakning och fiskekortsförsäljning sköts av Södertälje Amatörfiskeklubb. Tre stora fritidshusområden ligger runt sjön. Dessa hindrar inte det rörliga friluftslivet eller påverkar sjöns vattenkvalitet. Tre friluftsbad finns vid sjön – nya Malmsjöbadet, gamla Malmsjöbadet, numera i Handikappförbundets regi och badet intill sportstugeområdet vid sjöns sydöstra ände. Täljeleden tangerar sjöns västra strand.
