Kyrksjön ligger i Hölö och omges av åkermark med ett albestånd nere vid vattenbrynet. Tillsammans med Lillsjön är Kyrksjön en lerslättsjö med bitvis välutvecklad vassvegetation utefter stränderna. Sjön anses tillsammans med Lillsjön vara en av de mest eutrofa i kommunen. Sommartid förekommer riklig algblomning. Kyrksjön är ett fint kräftfiskevatten.