Stavbofjärden sträcker sig cirka tio kilometer i nord-sydlig riktning mellan fastlandet och Mörkös norra del. Längst i norr ligger Ulvsundet och längst söder Pålsundet. Passagen via Stavbofjärden var en alternativ segelled mellan Östersjön och Södertälje och hade därför strategisk betydelse. Idag går fartygstrafiken via Södertäljeleden. Fjärden befinner sig delvis i Tullgarn Naturreservat.