Hallsfjärden är en fjärd av Östersjön som ligger mellan Södertälje kommun och Botkyrka kommun, kommungränsen går mitt i fjärden. Hallsfjärden är den nordligaste fjärden längs inloppet mot Södertälje. Den begränsas i söder av Järnafjärden och i norr slutar den i Södertälje hamn vid Igelstabron. Fjärden är cirka 8 kilometer lång och cirka 500 meter bred vid sitt smalaste ställe. Fjärden befinner sig delvis i Brandalsund Naturreservat.